Fördjupande material till samtliga moduler

Modul 1: Definitioner precisionsmedicin

• Obamas Precision Medicine Initiative 2015
  “Precision Medicine … is an innovative approach to disease prevention and treatment that takes into account individual differences in people’s genes, environments, and lifestyles. Precision medicine gives clinicians tools to better understand the complex mechanisms underlying a patient’s health, disease, or condition, and to better predict which treatments will be most effective.”
• Europakommisionens motsvarighet “personalised medicine” (European Council Conclusion on personalised medicine for patients (2015/C 421/03)
  Europakommisionen konstaterar att det inte finns något allmänt vedertagen definition för personalised medicine men att ”it is widely understood that personalised medicine refers to a medical model using characterisation of individuals’ phenotypes and genotypes (e.g. molecular profiling, medical imaging, lifestyle data) for tailoring the right therapeutic strategy for the right person at the right time, and/or to determine the predisposition to disease and/or to deliver timely and targeted prevention. Personalised medicine relates to the broader concept of patient-centred care, which takes into account that, in general, healthcare systems need to better respond to patient needs”
• Nationell strategi för life science, Regeringskansliet 2019
  ”Med precisionsmedicin avses diagnostiska metoder och terapi för individanpassad utredning, prevention och behandling av sjukdom, applicerade på individnivå eller på delar av befolkningen. De nya möjligheter som precisionsmedicinen erbjuder baseras på senare års framsteg inom bl.a. molekylära biovetenskaper (”omics” teknologier) och bioinformatik, samt tillkomsten av nya högupplösande avbildningstekniker.”
• Tandvårds- och läkemedelsförmånsverket (TLVs) rapport kring precisionsmedicin och ATMP 2021
  Precisionsmedicin – definieras i denna rapport som diagnostik, behandling och prevention baserat på den enskilda patientens molekylära profil. För läkemedel och andra terapier innebär precisionsmedicin för TLV att ett molekylärt test styr behandlingsvalet.

Modul 2: Bred genomisk profilering

Typer av varianter

• SNVs (single nucleotide variants)
  Genetiska förändringar där bara en bokstav i den genetiska koden bytts ut
• CNVs (copy number variants; kopietalsvarianter)
  Förändringar där DNA finns i fler eller färre kopior än förväntat
• Indels (insertions/deletions; insertioner/deletioner)
  Förändringar där DNA har lagts till eller tagits bort
• Strukturella varianter
  Genförändringar av olika slag som omfattar större delar av genomet (> 1 000 baser)
• Genfusioner
  Genförändringar där delar av två olika gener fogats samman till en ny
• PgX (pharmacogenomics; farmakogenomik)
  Analyser av hur förändringar i DNA påverkar hur kroppen svarar på olika läkemedel

Komplexa biomarkörer

• HRD (Homologous recombination deficiency, homolog rekombinationsdefekt)
  När en av kroppens mekanismer för att laga DNA-skador slagits ut. 
  Är kopplad till svar på behandling med PARP-hämmare och mäts genom de förändringar som ansamlas i genomet.
• MSI (microsatellite instability, mikrosatellitinstabilitet)
  Mönster av förändringar då en annan del av kroppens maskineri för att reperara DNA-skador slås ut.
  Mäts inom område med repetitiv sekvens. Kopplat till svar på behandling med immunterapi och använt vid screening för Lynchs syndrom.
• TMB (tumor mutational burden, tumörmutationsbörda)
  Mätning av alla mutationer i genomet hos en tumör (uttryckt som antal mutationer per miljon baser).
  Har kopplats till svar på behandling med immunterapi.

Innehåll i DNA- och RNA-panel

GMS560 DNA-panel

GMS560 RNA-panel

Modul 3: Kliniska värdet av bred genomisk profilering vid bröstcancer

Uppdatering Nationella Arbetsgruppen för diagnostisk cancergenomik:

Regionala cancercentrums samverkansgrupp har beslutat om att bygga en nationell, multiprofessionell arbetsgrupp för cancergenomik och molekylär patologi och har utsett en ordförande i gruppen (Anders Edsjö). Detta är i enlighet med förslag från rapporten från Nationella arbetsgruppen för diagnostisk cancergenomik.

Länk till rapport från Nationella Arbetsgruppen för diagnostisk cancergenomik, 2022.

Referenser

• • • Mateo J, et al. Ann Oncol 2018;29:1895-1902
    • Condorelli R, et al. Ann Oncol 2019;30:365-373  
    • André F, et al. Nature. 2022;610:343-348
    • Luchini C, et al.  Trends Cancer. 2020; 6(9):738-744
    • Larson KL, et al. JCO Precis Oncol. 2021; 9;5

Modul 4: Ärftlig bröstcancer, genetisk utredning

Den nationella arbetsgruppen (NAG) för ärftlig cancer under RCC i samverkan medverkar som författare till ärftlighetskapitel i de flesta nationella vårdprogram för cancer, se https://sfmg.se/arbetsgrupper/cancergenetik/ NAG ärftlig cancer har också nyligen tagit fram ett PM med rekommendationer för återrapportering av konstitutionella varianter från cancergenetiska utredningar inom klinisk patologi, se https://kunskapsbanken.cancercentrum.se/stoddokument/

Referenser till bilder i modul 4

Bild ”Risknivåer och frekvens i populationen”

• Turnbull C et al. Nature genetics. 2018: 50,9 1212-1218
• Foulkes NEJM 359,20 (2008): 2143-53

Bild ”Kumulativ livstidsrisk för bröstcancer”

• Kuchenbaecker et al. JAMA 2017. 317(23): 2402-2416
• Yang et al. J Clin Oncol 2020. 38(7): 674-685
• Schmidt et al. J Clin Oncol 2016. 34(23): 2750-60
• Yang et al. JNCI 2020.112(12): 1242-1250
• Breast Cancer Association Consortium et al. N Engl J Med 2021. 384(5): 428-439
• Hu et al. N Engl J Med. 2021. 384(5): 440-451

Bild ”Genomsnittliga kumulativa livstidsrisker för BRCA1/2 bärare”

• Kuchenbaecker et al. JAMA 2017. 317(23): 2402-2416
• Li et al. J Clin Oncol 2022.40(14): 1529-1541

Modul 5: Kliniskt värde av genetisk profilering i ärftlig bröstcancer

Nationellt Vårdprogram för bröstcancer 2022, kapitel 10 Ärftlig bröstcancer