Välkommen till ett GMS Mikrobiologi möte där vi kommer att presentera utvecklingen i respektive arbetsgrupp med fokus på dataanalys, visualiseringsmöjligheter och demonstration av respektive analyspipeline. Vi kommer också att dela upp oss i grupper för att diskutera hur vi bäst och effektivast kan jobba inom GMS, men även tillsammans med övriga nationella projekt, legala aspekter samt klinisk metagenomik.
Vi har bjudit in en extern föreläsare, Adrian Egli från Schweiz, som ska prata om ”Mashine learning” samt delta i en efterföljande diskussionsdel om ”National consortia” för att dra lärdom av varandras projekt då Adrian är med och driver ett liknande nationellt GMS projekt, Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP).
Anmälan till det fysiska mötet är stängd, men det går bra att delta online, kontakta Paula Mölling, paula.molling@regionorebrolan.se.
Agenda
Monday Oct 3rd, 13-17, in Swedish
13.00 – 14.30
- Introduktion (10 min)
- Nationella projekt
– GMS-Mikro & Pandemic Prepardess – Paula Mölling (20 min)
– Infragen & GENSAM – Pontus Silow (10 min) - Uppdatering och status arbetsgrupper (10 min/grp)
– Pilot gruppen – Paula Mölling
– Metadata och juridik – Per Sikora/Johan Ringlander
– Metagenomik-16S och shotgun – Martin Ekman
– Metagenomik och antibiotika resistens – Christian Giske
– AP2-Mikro – Isak Sylvin
14.30 – 15.00 Kaffe paus
- 15.00 Grupparbeten (2 h inkl presentation/grupp)
– Testköra GMS pipeline´s
– Samarbetslösningar GMS-Mikro och GENSAM
– Juridik – hur kan vi dela data
– Klinisk metagenomik – när var hur
Tuesday Oct 4th 8.30-12, in English
- “Machine learning in microbiology diagnostics” – Adrian Egli (30 min + 15 min discussions)
- GMS´s National Genomic Platform (NGP) – Per Sikora (15 min)
- Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) – Adrian Egli (15 min)
- Panel discussion with Adrian Egli, Per Sikora, Martin Sundqvist, Magnus Hessel
– How can we to learn from each other´s experiences; NGP and SPSP?
– Can we find ways to cooperate?
– What are the critical steps to implement Artificial Intelligence (AI) based diagnostics into routine workflows?
10.30-11.00 Coffee break
11.00 – 12.00
- Presentation of GMS-Microbiology pipeline´s AP2-Micro group
– SARS-CoV-2 – Jyotirmoy Das (15 min)
– MRSA – Isak Sylvin (15 min)
– Metagenomics – Sofia Stamouli (15 min)