Antibiotikaresistens är ett växande hot mot vår hälsa, särskilt när resistenta bakterier sprids inom sjukhusmiljöer. I Sverige övervakas dessa bakterier genom smittskyddsanmälningar, och i vissa regioner används även helgenomsekvensering för att kartlägga deras arvsmassa. Men ett stort hinder kvarstår: regionerna delar sällan sina data med varandra. Detta försvårar smittspårning – och det vill Genomic Medicine Sweden (GMS) ändra på.
Inom ramen för ett strategiskt utvecklingsprojekt undersöker GMS Mikrobiologi hur genetisk information från bakterier, i kombination med vissa patientdata, kan delas och användas för att förbättra smittspårningen. Genom att jämföra bakteriers genetiska profiler i realtid, över regiongränser, kan man upptäcka spridning som annars riskerar att bli oupptäckt.
– I detta unika projekt samlar vi alla Sveriges regioner vilket kommer ge en viktig inblick i spridning av resistenta bakterier över regiongränserna. Vi tror det kan ha stor betydelse för framtida smittskyddsarbete, säger Martin Sundqvist, docent och överläkare i Klinisk mikrobiologi vid Universitetssjukhuset i Örebro, som är huvudansvarig för projektets genomförande.
Spåra smittvägar med gemensamma data
Projektet fokuserar på två särskilt problematiska bakterier: MRSA (meticillinresistenta Staphylococcus aureus) och ESBL-producerande Klebsiella pneumoniae. Båda är kända för att orsaka vårdrelaterad spridning men kan också spridas mellan regioner utan att upptäckas med dagens system.
Alla Sveriges 21 regioner deltar i projektet. Under tre månader (1 mars – 31 maj) har deltagande regioner samlat alla nya fall av de aktuella bakterierna där 15 regioner har sekvenserat alla bakterieisolat lokalt och resterande regioner har skickat isolaten till en annan region för sekvensering. Sekvenseringsmetoden baserar sig på så kallad långläsning av DNA.
– Långläsningssekvensering har framgångsrikt satts upp och validerats vid alla laboratorierna. Nyckeln för att kunna jämföra data på ett standardiserat sätt har varit det gemensamma protokoll som vi alla har använt, säger Jan Kekki, biomedicinsk analytiker vid Klinisk mikrobiologi, Universitetssjukhuset i Örebro, som är koordinator för projektet.
All genomikdata kommer under sommaren analyseras på den Nationella genomikplattformen (NGP), där bioinformatiska analysverktyg som JASEN och BONSAI tillsammans med ett ett ”utbrotts alert” verktyg, MIMOSA (https://github.com/genomic-medicine-sweden), implementerats för att automatiskt identifiera genetiska likheter mellan bakteriestammar – en viktig indikator på möjlig smittspridning mellan patienter eller vårdenheter.
För att kunna tolka spridningsmönstren samlas även information om patientens ålder, kön, vårdnivå och provtagningsdatum. Vid misstänkt smittspridning kopplas bakteriens genetiska data till patientinformation via laboratoriets ID-nummer, vilket möjliggör En bedömning av lokala smittskyddsenheter och/eller Vårdhygieniska enheter.
– En viktig förutsättning för projektet, i tillägg till de insatser som görs lokalt med att sekvensera, är medarbetarna inom GMS som arbetar med att få på plats både lagring och analysverktyg på den Nationella genomikplattformen, säger Martin Sundqvist.
Mot ett datadrivet smittskydd
Målet är att bygga ett datadrivet smittskydd – där genetisk information används som en kraftfull motor för att effektivt identifiera spridning av smittämnen. Ett sådant system kan göra det möjligt att upptäcka och stoppa utbrott i ett tidigt skede, vilket stärker patientsäkerheten, effektiviserar vårdens arbete och bromsar spridningen av resistenta bakterier.
Projektet är ett av flera strategiska utvecklingsprojekt som fick stöd från Socialdepartementet under 2025.
Studien har etikgodkännande, Dnr 2025-08870-01 med tilläggsansökan Dnr 2026-01756-02.