Tänk om vården kunde visualisera bakterie- och virusutbrott i Sverige – och dela informationen mellan regioner för bättre smittskydd och beredskap. Snart kan det bli verklighet med MIMOSA, ett verktyg som hämtar data från den Nationella genomikplattformen (NGP) och skapar en interaktiv karta på regionnivå.
MIMOSA (Microbial Investigation, Monitoring, Outbreak Surveillance, & Analysis) är ett verktyg för att följa och övervaka utbrott av bakterier och virus visuellt, både inom och mellan regioner, så att vården kan bli snabbare på att hantera dem. Verktyget är utvecklat inom GMS Mikrobiologi med den Nationella genomikplattformen (NGP) i åtanke, eftersom det är därifrån man kommer att hämta data. Varje region utför DNA-sekvensering av bakterier och laddar upp data i NGP, sen sammanfattar och visualiserar MIMOSA den mikrobiella datan tillsammans med geografisk information för att identifiera utbrott. MIMOSA bygger vidare på befintliga bioinformatiska analysverktyg såsom Jasen och Bonsai, som utvecklats inom GMS.
– Vi har kommit långt i projektet – det var knappt ett år sedan vi började, och vi har redan en fungerande demo. Nu återstår lite finlir. Därefter ska vi installera MIMOSA på NGP:n och hoppas kunna lansera den första officiella releasen så snart som möjligt, säger Olivia Andersson, bioinformatiker vid Region Örebro län och aktiv inom GMS Mikrobiologi.
Kartan visar förekomsten av Staphylococcus aureus i Sverige, där varje cirkel representerar rapporterade fall. De röda isolaten är en del av identifierade utbrott.
Idag gör varje region sin egen smittspårning och då vet man inte om eller när en smitta förs över från en region till en annan. MIMOSA kommer att underlätta kommunikationen mellan regionerna i och med att alla visuellt ser samma data samtidigt. Ett första steg är att införa MIMOSA i alla universitetssjukvårdsregioner, eftersom de är kopplade till NGP, men målet är att samtliga regioner i Sverige ska kunna anslutas.
– Om det uppstår utbrott av exempelvis antibiotikaresistenta bakterier framöver, så kommer man att kunna samarbeta mer mellan regionerna. I nuläget gäller detta främst bakterieutbrott, men målet är att även virussjukdomar ska inkluderas, säger Jenny Welander, bioinformatiker vid Universitetssjukhuset i Linköping och även hon aktiv inom GMS Mikrobiologi.
Nästa steg är att installera MIMOSA på NGP och testköra den inom framför allt Region Örebro län och Region Östergötland, och sedan utöka till övriga regioner inom GMS.
MIMOSA
- MIMOSA är ett mikrobiellt övervakningsverktyg som ska flagga om två eller fler isolat är genetiskt lika varandra.
- Det är designat för drift på Nationella genomikplattformen (NGP)
- Verktyget bygger vidare på bioinformatiska analyspipelines JASEN och Bonsai som redan utvecklats inom GMS
- Det identifierar mikrobiella utbrott utifrån sekvensjämförelser, och visualiserar dem tillsammans med geografisk information, vilket möjliggör epidemiologisk kartläggning
- Fokus ligger på användarvänlighet.
Bild: t.v. Olivia Andersson och Jenny Welander, t.h. bild frå MIMOSA. Foto: iStock och Mikaela Friedman.