NGP har skapats av och för de sju regionerna med universitetssjukvård för att möjliggöra lagring, delning och beräkning av omikdata med kopplade metadata på ett resurseffektivt sätt. NGP förvaltas för närvarande av förvaltningsorganisationen på Klinisk Genetik och Genomik, Område 4, Sahlgrenska Universitetssjukhuset. Drift och underhåll delas mellan GMC-Väst, Koncernstab Digitalisering och leverantören (Hitachi Vantara) enligt den RACI-modell (Responsible, Accountable, Consulted, Informed) som tagits fram innan driftsättning.
Regionerna debiteras för avskrivningskostnader för hårdvara, el och kyla samt andra fasta förvaltningskostnader. Regionerna debiteras inte för utveckling eller användning av molntjänster, finansieringen då detta arbete sker helt inom de externfinansierade projekten Systemdemonstrator för nationellt tillgängliggörande av omikdata för vård, forskning och innovation (Vinnova) och Skalbar nationell datadelning av omikdata för vård, forskning och innovation (SweLife).
Utvecklingsarbetet sker inom ramen för GMS och inom två externfinansierade projekt. Investeringar och drift är delvis externfinansierad (hittills totalt 17 MSEK t o m 2028). De involverade regionerna delar på tillkommande kostnader (max 30 MSEK 2023-2028 efter att 10 MSEK redan säkrad extern finansiering under denna tid dragits ifrån). Fördelningen sker utifrån invånarantal inom den sjukvårdsregion de är en del av. De enda inkomster NGP idag kan få från externa parter är ersättning av direkta kostnader vid t ex tillgängliggörande av data. NGP är alltså idag ett avtalsstyrt samarbete där ingående parter samverkar för att hålla nere gemensamma kostnader och där ingen vinst genereras.