Resultatet från de första 117 barn som erhållit helgenomsekvensering via det nationella projektet GMS Barncancer visar att i 90 procent av fallen hittades genetiska förändringar som är av klinisk betydelse. Det omfattande arbetet har genomförts av fler än 30 forskare och kliniker från hela landet. Resultatet publiceras nu i JCO Precision Oncology.
GMS Barncancer är ett unikt projekt som erbjuder alla barn i Sverige som drabbas av cancer helgenomsekvensering som en del av diagnostiken.
David Gisselsson Nord. Foto: Åsa Hansdotter, Lunds universitet.
– Det mest förvånande resultatet från den första summeringen av projektet var hur ofta tumörens gensekvens kunde användas som en del av diagnostiken, för antingen en säkrare eller noggrannare klassificering av tumören. Unikt med studien är att nästan alla barn erbjuds sekvensering redan vid insjuknandet, inte vid återfall eller förvärrad sjukdom som i liknande internationella studier, säger David Gisselsson Nord, professor och överläkare vid Lunds universitet/Region Skåne som koordinerat studien.
Under perioden januari 2021 till mars 2022 inkluderades 117 barn i studien och deras tumör analyserades med helgenomsekvensering. För cirka hälften av barnen som fick helgenomsekvensering hittade man kliniskt relevanta genetiska förändringar som antingen visade på en specifik undergrupp för diagnos, var kopplad till prognos eller till ett specifikt behandlingsmål. I ytterligare 40 procent bekräftades den diagnos som redan satts.
– I enstaka fall ändrades helt diagnos och behandling. I andra fall innebar det att barnet kunde få tillgång till målinriktade cancerläkemedel. Dessutom upptäcktes ett antal fall med medfödda genetiska sjukdomar som medförde särskild behandling, berättar David Gisselsson Nord.
Traditionella behandlingar med strålning och cytostatika är effektiva för barn, men kommer ofta med livslånga biverkningar som kan uppkomma direkt eller flera år efter behandling. Idag finns få kliniska studier för barn, vilket innebär att även om nya behandlingsmål hittas med helgenomsekvensering så kan barn inte alltid få tillgång till målinriktade behandlingar.
– Men vi ser att fler och fler målinriktade läkemedel blir aktuella för barn med cancer. Sekvenseringen gör att vi nu effektivt kan para ihop rätt barn med rätt läkemedel, säger David Gisselsson Nord.
Barn från hela landet inkluderas i projektet via de sex barnonkologiska centren. Sekvensering och bioinformatik utfördes sedan vid tre centra och sedan artikeln skrevs har även ett fjärde center för sekvensering startat. För att vara en resurs för forskare laddas data från studien också upp till Barntumörbanken som haft en viktig roll i studiens genomförande.
Bioinformatiska analyser och tolkningsverktyg har en avgörande betydelse för att den stora mängd sekvenseringsdata som genereras ska kunna ge rätt stöd till behandlande läkare. Inom projektet har SciLifeLab Clinical Genomics plattformen och Genomic Medicine Centers (GMCs) runt om i landet vidareutvecklat och harmoniserat bioinformatiska analyser och också utveckla bättre verktyg för den kliniska varianttolkningen, vilket kommer ge stöd vid beslutsfattande.
Valtteri Wirta. Foto: Niklas Norberg Wirtén, SciLifeLab.
– Det arbete vi gör för att harmonisera bioinformatik och tolkningsverktyg över landet gör att vi kommer kunna se till att alla patienter får tillgång till enhetliga och högkvalitativa analyser av likvärdig standard, säger Valtteri Wirta, co-chair för GMS Informatik och Platform Scientific Director på SciLifeLab Clinical Genomics Stockholm.
GMS barncancerprojektet fortgår och fler barn med cancer inkluderas kontinuerligt. Från 2022 ingår även leukemier. En betydelsefull del i projektet framåt kommer att vara de hälsoekonomiska analyser som kommer visa på vilka patientgrupper som kommer ha störst klinisk nytta av helgenomsekvensering framöver.
– Genom det omfattande nationella samarbetet kommer vi att kunna påskynda nationellt införande av helgenomsekvensering i vården för barn med cancer, avslutar Valtteri Wirta.
Arbetet har letts av David Gisselsson Nord, professor i molekylär patologi vid Lunds universitet och överläkare i patologi vid Region Skåne, tillsammans med Johanna Sandgren, chef för Barntumörbanken, och Gustaf Ljungman, professor vid Uppsala universitet och överläkare vid Akademiska sjukhuset.
Projektet finansieras av Barncancerfonden och Socialdepartementet.
Schematisk bild över arbetsflöde för helgenomsekvensering av barncancer.
Publikation
Diagnostic Yield from a Nationwide Implementation of Precision Medicine for all Children With Cancer. Elisabeth Wadensten, Sandra Wessman,Frida Abel, Teresita Diaz De Ståhl, Bianca Tesi, Christina Orsmark Pietras, Linda Arvidsson, Fulya Taylan, Susanne Fransson, Hartmut Vogt, Anna Poluha, Sailendra Pradhananga, Maria Hellberg, Kristina Lagerstedt-Robinson, Praveen Raj Somarajan, Sofie Samuelsson, Sara Orrsjö, Khurram Maqbool, Karin Henning, Tobias Strid, Torben Ek, Henrik Fagman, Thomas Olsson Bontell, Tommy Martinsson, Florian Puls, Per Kogner, Valtteri Wirta, Cornelis Jan Pronk, Joakim Wille, Richard Rosenquist, Monica Nistér, Fredrik Mertens, Magnus Sabel, Ulrika Norén-Nyström, Pernilla Grillner, Ann Nordgren, Gustaf Ljungman, Johanna Sandgren, David Gisselsson. JCO Precision Oncology, online 29 juni 2023, doi.org/10.1200/PO.23.00039.
Bild: iStock