I NGP lagras främst två typer av data: information om en patient/forskningsperson och genomikdata.
Information om en patient/forskningsperson är data såsom namn, ålder, kön och hälsodata som diagnos. Med genomikdata avses uppgifter som rör patientens/forskningspersonens nedärvda eller förvärvade genetiska varianter. Den genetiska datan skapas genom att ett biologiskt prov sekvenseras inom sjukvården. Vårdgivaren kan lagra genomikdatan i sin del av NGP i sitt råa, obearbetade format (rådata) och/eller i ett mer analyserat format, där information om identifierade genetiska förändringar framgår (analysdata).