Uppdragsavtalen innebär att regioner ger i uppdrag till namngivna systemspecialister inom GU eller VGR att utföra drift/support i regionens egen lagringsyta. Specialisterna får då enbart agera på uppdrag av regionen och i enlighet med uppdragsbeskrivningen som följer med avtalet, dvs inte göra något med regionens data utan att det i sådant fall skulle ske på regionens begäran. Det är frivilligt att teckna uppdragsavtalen men om man avstår har GU/VGR ingen möjlighet att ge support i regionens egen lagringsyta. Förfarandet skiljer sig inte från någon annan extern IT-leverantör, där man som vårdgivare uppdrar åt en leverantör att tillhandahålla t.ex. lagring.
De avtal som regionerna ingått beskriver i detalj hur denna data sedan rent praktiskt får behandlas. Den data som behandlas i regionens egen lagringsyta/tårtbit har enbart regionen access till och kan välja själv vilken data som ska lagras där och för vilka ändamål. Avseende den egna lagringsytan finns ett personuppgiftsbiträdesavtal mellan RV och VGR där RV ger instruktion till VGR hur data ska behandlas. Det finns möjlighet att komplettera de befintliga avtalen med ett uppdragsavtal där RV ger access till en GU- eller VGR-användare för att fungera som teknisk support inom den egna ytan.