Lagringsytor som ska kunna hantera stora mängder digitala data utformas på olika sätt. NGP använder en så kallad datasjö-arkitektur (data lake) där data lagras i sitt ursprungliga, råa format i stället för att först omvandla och bearbeta dem. De uppgifter som lagras kan vara mer eller mindre strukturerade. Strukturerad information följer en överenskommen struktur, är mer välorganiserad och använder enhetliga termer som i vissa fall kopplas ihop med en kod från en ontologi/terminologisystem. Med ostrukturerad information avses till exempel långa stycken med fritext i Word-filer eller bilder, loggfiler, video och ljudfiler. Datasjön använder sedan avancerade sökalgoritmer för att plocka fram relevant data och metadata ur den råa datan för att besvara specifika frågeställningar.
Varje region har sin egen lagringsyta och sökalgoritmer i NGP till vilken endast personer godkända av regionen har behörighet och sättet att organisera data som en datasjö påverkar inte dessa behörigheter. Information som en region väljer att visa ut som gemensam kan läggas över i en gemensam lagringsyta och användas för sökningar från alla projektparter.