Genomikdata och annan hälsodata tillhörande en patient eller forskningsperson hämtas från de sjukhus som utför analyserna och överförs på ett säkert och skyddat sätt, genom SjuNet eller krypterad länk, in i respektive regions lagringsyta i NGP.
Efter överföringen lagras data som datafiler i NGP. Filerna innehåller genetisk rådata samt information om identifierade genetiska förändringar (analysdata) och vilken kvalitet analyserade data har. Därtill kan andra typer av hälsodata av relevans inom genomikområdet laddas upp till NGP. Det kan till exempel vara information om patienten eller forskningspersonen, så som namn, personnummer eller diagnos eller information från analysinstrument samt den tolkade data som skapas under den diagnostiska processen.