Genomikdata och annnan hälsodata tillhörande en patient eller forskningsperson hämtas från lokala laboratorieinformationssystem och överförs på ett säkert sätt, genom Sjunet eller krypterad länk, in i respektive regions lagringsyta i NGP.

Efter överföringen lagras data som datafiler i NGP. Filerna innehåller genetisk rådata samt information om identifierade genetiska förändringar (analysdata) och vilken kvalitet analyserade data har. Därtill kan andra typer av hälsodata av relevans inom genomikområdet laddas upp till NGP. Det kan till exempel vara information om patienten eller forskningspersonen, så som namn, personnummer eller diagnos eller information från analysinstrument samt den tolkade data som skapas under den diagnostiska processen.