NGP är en datasjö med hög sekretess. Säkerhet och skydd av individens integritet hanteras på flera nivåer:
Varje region med universitetssjukvård har en egen lagringsyta i NGP som regionen har full kontroll över, inklusive åtkomst- och användarkontroll. Vilken information som ska delas med andra bestäms av respektive region.
Åtkomsträttigheter kan fastställas för enskilda objekt, vilket möjliggör riktad datadelning mellan GMS parter.
Genom lokala medarbetaruppdrag som registreras hos Inera, regionernas gemensamma IT-företag, blir det möjligt för lokala IT-organisationer hos respektive region att administrera åtkomsten till data.
Användarnas aktiviteter i systemet loggas.