Det är förenligt med svensk lagstiftning att lagra patientdata i NGP. Jämför med att Sverige skulle ha ett gemensamt journalsystem. Även om systemet är gemensamt, och data fysiskt lagras på ett och samma ställe, så styr behörigheterna att enbart vårdgivaren kommer åt sina respektive patientdata. Om data ska delas utanför vårdgivargränsen, exempelvis för ett forskningsprojekt, så behöver vårdgivaren göra en menprövning innan data kan lämnas ut.