Genomic Medicine Sweden (GMS) har tagit fram en bred genpanel för solida tumörer som möjliggör detaljerad diagnostik för dagens och morgondagens målinriktade behandlingar. Genpanelen börjar implementeras i rutinsjukvården under hösten.
I takt med att precisionsmedicin och fler målinriktade behandlingar blir en självklar del av cancervården, så ökar också behovet av mer specifik kunskap om de molekylära förändringar som påverkar behandlingsval.
Inom Genomic Medicine Sweden, GMS, har arbetsutskottet för solida tumörer tagit fram en bred genpanel som genererar detaljerad molekylär information från 560 cancerkopplade gener. Panelen har validerats i ett nationellt samarbete och under hösten pågår implementering regionalt vid universitetssjukhusen för användning i rutinsjukvården.
Flexibel genpanel
Anders Edsjö. Foto: Nooreldin Zendehrokh.
– Det finns flera skäl till att vi har valt att ta fram en egen bred genpanel. Genom att själva hålla i design och vidareutveckling av genpanelen kan vi snabbt lägga till nya funktioner när nya kliniska behov uppstår. Ett sådant exempel är den komplexa biomarkören HRD, säger Anders Edsjö, co-chair GMS solida tumörer och överläkare vid Klinisk genetik, patologi och molekylär diagnostik, Region Skåne.
HRD, homolog rekombinationsdefekt, ingår i genpanelen för att kunna förutse svar på behandling med PARP-hämmare vid ovarialcancer, men kan också förväntas bli värdefull vid fler frågeställningar om behandling framöver.
Johan Botling. Foto: privat.
– Utgångspunkten har varit att kunna täcka både behandlingsstyrande molekylära förändringar inom ramen för så kallad precisionsonkologi, liksom diagnostiska behov för genetisk subtypning av tumörer inom molekylär patologi, säger Johan Botling, co-chair GMS solida tumörer och docent, överläkare vid Akademiska sjukhuset/Uppsala universitet.
Dessutom inkluderas gener som idag inte är direkt kopplade till en behandling men som har en känd tumörbiologisk betydelse. För patienter ger det nya möjligheter att inkluderas i framtida kliniska studier eller att få tillgång till kommande målinriktade behandlingar.
Ett tvärprofessionellt samarbete
– För att lösa de komplexa frågeställningarna har vi samlat ett tvärprofessionellt team av patologläkare, molekylärbiologer, bioinformatiker och andra yrkesgrupper, säger Johan Botling.
I arbetet med att ta fram GMS560-panelen har ett hundratal personer från alla regionala Genomic Medicine Centers (GMCs), SciLifeLab Clinical Genomics plattformen, laboratorierna vid universitetssjukhusen och kopplade regionala laboratorier samarbetat.
Det nationella samarbetet som GMS utgör har gjort det möjligt att samla resurser för att ta fram tekniska lösningar för de medicinska delfrågeställningar som ingår i genpanelen. Exempelvis har validering av så kallade mutationssignaturer delats mellan olika noder. GMC och Clinical Genomics-noden i Uppsala har fokuserat på tumörmutationsbörda (TMB), Lund på homolog rekombinationsdefekt (HRD) och Örebro på mikrosatellitinstabilitet (MSI).
Implementering i rutinsjukvården
Efter ett omfattande valideringsarbete under det senaste året är GMS560-panelen nu redo att börja implementeras i sjukvården. Hur detta ska gå till bestäms av respektive verksamhet och styrs i stor utsträckning av rekommendationer i de nationella vårdprogrammen för berörda cancerformer.
– Om allt går som planerat kommer den nya heltäckande genpanelen kunna bli en viktig grundsten för den framtida cancervården och möjliggöra en säkrare diagnostik, prognostik och behandlingsprediktion, säger Anders Edsjö.
Figur. Genpanelen GMS560 inkluderar mindre mutationer – SNV/InDels, kopietalsförändringar – CNV, strukturella varianter, genfusioner, homolog rekombinationsdefekt – HRD, mikrosatellitinstabilitet – MSI och tumörmutationsbörda – TMB.
Illustration: Lucia Cavelier
Foto: iStock photos