I ett avtal mellan VGR och övriga regioner inom GMS från oktober 2022 sattes ett tak på 40 MSEK för tillkommande gemensamma kostnader för inköp av ny utrustning samt för drift av NGP fram till och med 2028. De sju regionerna med universitetssjukvård har samtidigt tagit på sig att täcka de kostnader som inte kommer in genom externa medel. Utifrån externa medel som säkrats fram till idag rör det sig om max 30 MSEK (då 10 MSEK av kostnader för investeringar och drift 2023-2028 täcks av externa medel). Kostnaderna fördelas efter antal innevånare inom respektive sjukvårdsregion och de kostnader som inte täcks av externa medel faktureras varje halvår. 

Regionerna debiteras för avskrivningskostnader för hårdvara, el och kyla samt andra fasta förvaltningskostnader. Regionerna debiteras inte för utveckling eller användning av molntjänster, finansieringen då detta arbete sker helt inom de externfinansierade projekten Systemdemonstrator för nationellt tillgängliggörande av omikdata för vård, forskning och innovation (Vinnova) och Skalbar nationell datadelning av omikdata för vård, forskning och innovation (SweLife).  

Utvecklingsarbetet sker inom ramen för GMS och inom två externfinansierade projekt. Investeringar och drift är delvis externfinansierad (hittills totalt 17 MSEK t o m 2028). De involverade regionerna delar på tillkommande kostnader (max 30 MSEK 2023-2028 efter att 10 MSEK redan säkrad extern finansiering under denna tid dragits ifrån). Fördelningen sker utifrån invånarantal inom den sjukvårdsregion de är en del av. De enda inkomster NGP idag kan få från externa parter är ersättning av direkta kostnader vid t ex tillgängliggörande av data. NGP är alltså idag ett avtalsstyrt samarbete där ingående parter samverkar för att hålla nere gemensamma kostnader och där ingen vinst genereras.