Genombrott i kampen mot bakterieutbrott
Genom GMS Mikrobiologis arbete får även mindre regioner tillgång till gemensamma metoder för sekvenseringsanalys av bakterie- och virusinfektioner. Det bidrar till snabbare diagnoser, förbättrad behandling och minskad antibiotikaanvändning, samt möjliggör effektiv hantering av bakterieutbrott genom nationell datadelning.
Tack vare det nationella samarbetet mellan kliniska mikrobiologiska laboratorier, som koordineras av GMS Mikrobiologi, har Sverige förbättrat möjligheterna till snabb och jämlik diagnostik av bakterie- och virusinfektioner. Målet är att införa sekvenseringsteknologier i klinisk mikrobiologi över hela landet, där metoder och analysverktyg harmoniseras så att data enkelt ska kunna jämföras.
Nationell kraftsamling för mikrobiell kartläggning
Under covid-19-pandemin byggdes en storskalig sekvenseringskapacitet upp inom landets universitetsregioner genom samarbete inom GMS. Parallellt etablerades sekvensering av SARS-CoV-2 i merparten av övriga regioner, med stöd av ett projekt som drevs av Folkhälsomyndigheten och baserades på nanopore-teknologi. GMS har byggt vidare på denna etablerade sekvenseringskapacitet och samordnar ett omfattande nationellt 16S-nanopore-projekt, med målet att snabbt och tillförlitligt kunna identifiera mikroorganismer. I projektet deltar 17 regioner, Folkhälsomyndigheten, Försvarets forskningsinstitut, företag och forskningsaktörer.
Under perioden 2021-2024 analyserades 132 566 SARSCoV-2-prover med helgenomsekvensering i vården.
Snabbare svar med gemensam teknik
GMS Mikrobiologi utvecklar gemensamma laborativa metoder och bioinformatiska analysverktyg som kopplas till den Nationella genomikplattformen (NGP) (se s. 34–35). Det gör att regioner kan dela mikrobiologiska data och tolka resultat tillsammans. Läkarna får snabbare svar, vilket bland annat leder till bättre behandling och minskad antibiotikaanvändning. Tidigare arbetade varje region för sig – nu sker utvecklingen gemensamt.
– Det finns ett stort intresse för att införa och vidareutveckla nya avancerade genetiska metoder för att påvisa och vidare kartlägga mikroorganismer i Sverige. GMS Mikrobiologi bygger upp en viktig gemensam infrastruktur och samarbetsyta som kan bidra till att dessa tekniker blir tillgängliga på ett jämlikt och kostnadseffektivt sätt, säger Martin Sundqvist, överläkare och docent vid Universitetssjukhuset i Örebro.
Nanoporesekvensering är en sekvenseringsteknik där DNA läses av i realtid genom extremt små hål (nanoporer) i ett membran. Mycket långa läsningar av DNA kan göras.
Reportaget är del av rapporten ”Genomic Medicine Sweden – Samverkan inom precisionsmedicin sedan 2017”.
Bild: iStock