Skalbar nationell datadelning av omikdata för vård, forskning och innovation
Skalbar nationell datadelning av omikdata för vård, forskning och innovation är ett SweLife projekt som pågår till och med 31 augusti 2025.
Projektinformation
Projektets mål är att skapa konkreta integrationer mellan nationella projekt och aktörer inom hälsodata och genomikfältet. Integrationerna kommer förenkla datautbytet mellan regioner, mellan regioner och myndigheter samt öka tillgängligheten för hälsodata för forskning och industri. Projektet kommer även accelerera den strukturerade datainsamlingen som sker inom regionerna.
- Projektledare: Per Sikora
- Projektkoordinator: Annelie Lago
- Startdatum: 2023-09-01
- Slutdatum: 2025-08-31
- Finansiär: SweLife
Öppna informationsmöten
I början av året anordnades tre öppna informationsmöten om NGP och de båda pågående projekten. Vid dessa informationsmöten presenterade Per Sikora (chair GMS informatik och infrastruktur), Anders Edsjö (vice föreståndare GMS och chair GMS solida tumörer) samt Sandra Bergstrand (jurist) NGP och besvarade frågor.
Agenda
- Värdet av nationell lagring, delning och beräkning av data
- Beskrivning av NGP utifrån ett juridiskt och tekniskt perspektiv
- Uppdatering kring var NGP står idag och hur nästa steg för plattformen ser ut
- Information om de bägge NGP-relaterade projekten
- Genomgång av svar på inkomna frågor + tid för ytterligare frågor
Projektmöten Vinnova- och SweLifeprojekten
Den 23 oktober hölls ett gemensamt möte med statusuppdatering för de bägge NGP-projekten Systemdemonstrator för nationellt tillgängliggörande av omikdata för vård, forskning och innovation (Vinnova) och Skalbar nationell datadelning av omikdata för vård, forskning och innovation (SweLife)
Parter
Ingående projektparter är Region Skåne, Västra Götalandsregionen (VGR), Göteborgs universitet (värd för NGP tillsammans med VGR), Region Östergötland, Region Örebro, Region Stockholm, Region Uppsala, Region Västerbotten, Folkhälsomyndigheten, Karolinska institutet (värd för DDLS) och Läkemedelsindustriföreningen, Lif.
Arbetspaket
- AP1:Organisation, koordinering och internationellt engagemang .
Organisationen av projektet, förankring gentemot externa aktörer, projektparter och internt inom GMS samt deltagande i EU-projekt kring delning av hälsodata.
Ansvarig: Per Sikora, Annelie Lago, Anders Edsjö, Mirja Carlsson Möller - AP2: Automatisk och retrospektiv datainsamling från GMC
Samordnat utvecklingsarbete på sju GMC säkerställer automatiska lösningar för insamling av metadata från lokala system och vidarebefordran in i NGP tillsammans med genomikdata. En ettårig sprint med extra resurser för att retrospektivt samla in data genererad på GMC:er mellan 2019-2023.
Ansvarig: René Kadén - AP3: Datadelning och integration mellan GMS och Fohm
Etablering av en krypterad länk mellan GENSAM-servrar på Fohm och NGP plattformen inom VGR. Data och metadata skall laddas upp till GENSAM från NGP. GENSAM ska kunna söka och hämta data baserat på accessrättigheter samt leverera data till individuella regioner via NGP.
Ansvarig: Carlo Berg - AP4: Delning av hälsodata mellan NGP och DDLS
Inom ramen för skalbara pilotprojekt etableras koppling mellan befintlig infrastruktur inom NGP med mottagande strukturer under uppbyggnad inom DDLS precisionsmedicinsnod. Detta för tillgängliggörande och överföring av hälsodata inom etikgodkända forskningsstudier. Systemet säkerställer att data endast delas från studier där datadelning godkänts av sjukvårdshuvudman och till de forskare godkännandet gäller. När lösningar utvecklats används dessa som mall för lösningar inom nya områden. Pilotprojekten utvecklar lösningar
för datadelning inom de två områden där behovet idag är störst och de konkreta pilotprojekten väljs utifrån genomförbarhet och möjlighet att initiera arbetet utan dröjsmål. Arbetet kommer att kopplas till redan pågående och separat finansierat arbete med elektroniska lösningar för informerat samtycke som sker inom GMS.
Ansvarig: Janne Lehtiö - AP5: Integration och informationsdelning mellan NGP, IPÖ och kvalitetsregistren
Utveckling av en genomikmodul inom IPÖ samt datadelning från NGP till översikten i realtid inför behandlingsbeslut. Utvecklad genomikmodul ska kunna användas i separata kvalitetsregister i framtiden.
Ansvarig: Eva-Lena Engman - AP6: Inklusion i kliniska prövningar
Samarbete mellan NGP och Lif där prioriterade aktiviteter för att öka inklusion i kliniska prövningar genomförs. Feasibility-portalen möjliggör att med federerade beräkningar uppskatta antalet patienter som kan inkluderas i en tänkt klinisk studie. Standardiserade rapporter kring molekylär biomarkörstatus vid olika cancerformer som bakgrund både till kliniska studier och för hälsoekonomiska beräkningar inför införande av nya målinriktade behandlingar. Ett system för flaggning av inklusionsgrundande molekylära förändringar
skulle kunna öka den löpande inklusionen i precisonsmedicinska kliniska studier. Uppgifter om eventuella möjliga studier och kontaktuppgifter till dessa går till behandlande läkare för att inte äventyra sekretess. Alla aktiviteter bygger på federerad behandling av rutinmässigt insamlade av genomikdata. Portalen och standardiserade rapporter ger avidentifierad data. Identifiering av patienter aktuella för kliniska studier kräver återkoppling på personnivå till ansvarig läkare.
Ansvarig: Anders Edsjö, Therese Fagerqvist, Maria Johansson